Możliwe formy działalności dla podmiotu leczniczego to:

• Jednoosobowa działalność gospodarcza (JDG) – rejestrowana w CEIDG, najprostsza forma dla małych firm.
• Spółki cywilne – jest to spółka również wpisywana do CEIDG, bazująca na umowie między przedsiębiorcami, bez osobowości prawnej.
• Spółki jawne, partnerskie, komandytowe, komandytowo-akcyjne – spółki osobowe zarejestrowane w KRS.
• Spółki kapitałowe: spółka z o.o., spółka akcyjna (S.A.) – zarejestrowane w KRS, popularne dla większych placówek.
• Spółki z udziałem Skarbu Państwa lub JST – w formie spółki kapitałowej lub jednostki budżetowej (art. 6 ustawy).

Każdy podmiot leczniczy wymaga wpisu do Rejestru Podmiotów Wykonujących Działalność Leczniczą (RPWDL) prowadzonego przez wojewodę, uzyskania REGON oraz spełnienia warunków sanitarno-lokalowych (art. 17 ustawy).​
 

Formy opodatkowania dla podmiotów medycznych

a) Jednoosobowa działalność gospodarcza (JDG)
Dla JDG świadczących usługi medyczne (PKD 86) dostępne są trzy główne formy opodatkowania podatkiem dochodowym:

• Skala podatkowa (zasady ogólne): Progresywna stawka 12% podatku do 120 000 zł dochodu rocznie (minus kwota wolna od podatku 30 000,00 zł) i 32% powyżej. Jest tutaj możliwość stosowania odliczeń kosztów uzyskania przychodu (np. sprzęt medyczny, wynagrodzenia, kursy, szkolenia), ulg (np. IP Box dla innowacji medycznych). Może to być najkorzystniejsza forma przy niskich dochodach i wysokich kosztach, ale trzeba pamiętać o tym, że dochody z działalności gospodarczej łączą się z innymi dochodami (np. umową o pracę, czy zlecenie), więc dochód 120 000,00zł i stawki 12%/32% dotyczą wszystkich źródeł łącznie. Składka zdrowotna na tej formie wynosi 9% dochodu.
• Podatek liniowy: Jest tutaj stała stawka 19% podatku od dochodu (przychód minus koszty), niezależnie od jego wielkości. Nie ma za to kwoty wolnej i ulg typu ulga prorodzinna, ale przy wyższych dochodach może to być najkorzystniejsza korzystniejsza forma - zwłaszcza gdy wg skali podatkowej dochód staje się opodatkowany 32% podatku. Dodatkowym atutem jest niższa składka zdrowotna, która wynosi 4,9% dochodu. Dochód z działalności na podatku liniowym nie łączy się z innymi dochodami które można rozliczyć niezależnie skalą podatkową.
• Ryczałt od przychodów ewidencjonowanych: W tej formie podatek jest płacony od przychodu bez odliczania kosztów. Stawka dla usług medycznych (PKWiU dział 86, opieka zdrowotna) wynosi 14%. Jest to bardzo dobra forma dla firm mających wysokie przychody i bardzo niskie koszty. Dodatkowym atutem są stałe kwoty składki zdrowotnej, w zależności od progów podatkowych, które przy wysokich przychodach dają realną korzyść w mniejszej składce zdrowotnej, w porównaniu z innymi formami opodatkowania

 

Zawsze warto skonsultować z księgową formę opodatkowania, gdyż jej optymalny wybór zależy od wielu czynników.

b) Spółki z o.o.
Dla spółek z o.o. (najczęstsza forma kapitałowa dla podmiotów leczniczych) opodatkowanie CIT wynosi:

• Klasyczny CIT: 9% podatku płaconego od dochodu do 2 mln euro przychodu (mały podatnik) lub 19% standardowo. Opodatkowanie dywidendy wynosi dodatkowo 19% PIT u wspólników, liczone od wypłaconego zysku (występuje tu podwójne opodatkowanie gdyż ten podatek jest płacony z zysku już po opodatkowaniu podatkiem 9% spółki)
• Estoński CIT (ryczałt od dochodów spółek): Brak jest podatku CIT od dochodu w trakcie działalności, jeżeli zysk jest zatrzymywany w spółce do dalszej działalności. Podatek występuje dopiero w momencie rozdzielenia zysku na wspólników i wynosi on 10% podatku dla małych podatników, 20% podatku dla dużych + 19% PIT od dywidendy odliczane od podatku spółki). Jest to zatem korzystna opcja dla spółek, chcących inwestować swoje zyski w dalszą działalność ze względu na brak podatku – wszystkie dochody mogą być reinwestowane. Trzeba natomiast tutaj pamiętać o tzw ukrytych zyskach, czy też wydatkach nie związanych z działalnością gospodarczą które w razie wystąpienia, podlegają opodatkowaniu.

Podatek VAT dla podmiotów medycznych

a) Zwolnienie przedmiotowe (art. 43 ust. 1 pkt 18-19 ustawy o VAT)
Zwolnienie bez względu na obrót – dotyczy usług w zakresie opieki medycznej (profilaktyka, zachowanie, ratowanie, przywracanie, poprawa zdrowia) świadczonych przez podmioty lecznicze w ramach działalności leczniczej (PKWiU 86). Obejmuje np. konsultacje, zabiegi, diagnostykę. Dotyczy też dostaw towarów i usług ściśle związanych (np. leki w ramach świadczenia). Nie obejmuje usług administracyjnych czy kosmetyki nieleczniczej.

b) Zwolnienie podmiotowe (art. 113 ust. 1 ustawy o VAT)
Zwolnienie dla podatników o obrocie do 240 000 zł rocznie (bez względu na rodzaj usług poza ustawowymi wyjątkami). Korzystając z tego zwolnienia, można mieć szerszy zakres świadczonych usług i nie muszą to być tylko te związane z profilaktyką czy ochroną zdrowia. Podmioty medyczne mogą również łączyć zwolnienia: przedmiotowe dla usług leczniczych, a dla pozostałych (np. sprzedaż kosmetyków) – podmiotowe do limitu. Po przekroczeniu limitu podmiotowego można łączyć sprzedaż zwolnioną z VAT opodatkowaną.

Kasa fiskalna – różnica między podmiotem leczniczym a lekarzem i zwolnienia
Lekarze (praktyka indywidualna) muszą posiadać kasę fiskalną online od pierwszej czynności dla usług na rzecz osób fizycznych nieprowadzących działalności (brak zwolnienia z limitu 20 000zł obrotu rocznie). Możliwe jest tutaj zwolnienie ze względu na świadczenie usług na odległość.
Podmiot leczniczy nie musi mieć kasy od pierwszej czynności. Przysługuje tutaj zwolnienie podmiotowe z art. 111 ust. 1 ustawy o VAT, jeśli obrót z osobami fizycznymi nie przekroczył 20 000 zł. Podmiot może również skorzystać ze zwolnienia z kasy fiskalnej niezależnie od obrotu, pod warunkiem że wszystkie transakcje ma bezgotówkowe oraz posiada dokumentację powiązaną z tymi płatnościami. W praktyce, często podmioty lecznicze od początku nabywają kasy fiskalne, gdyż 20 000,00 obrotu jest bardzo małą kwotą którą podmiot szybko przekracza, a wielu pacjentów nadal woli płacić gotówką. Kasa fiskalna mimo kosztu jej zakupu, bywa też po prostu wygodniejsza w rozliczaniu.

Jeżeli podmiot leczniczy wystawia faktury tylko dla firm – wtedy również nie musi mieć kasy fiskalnej.